¿Cómo hago referencia a un alias en una cláusula WHERE?

No puede en su código anterior, recuerde WHERE ocurre antes de SELECT , entonces tendrías que usar:

WHERE DateAdd(dd, -1, C.ExpirationDate) BETWEEN @StartDate AND @EndDate

La forma más común de crear un alias para algo como esto sería una vista/consulta interna como esta:

SELECT
  n.FooBar,  --here we can use FooBar
  t.BarFoo
FROM
  MyTable t
INNER JOIN
(
 SELECT
   myTestCase as FooBar
 From MyTable2
) n