Asp.Net da un error de tiempo de espera al ejecutar un procedimiento almacenado

Otra idea, el tiempo de espera de cada SqlCommand también se controla individualmente, por lo que puede controlarlo con la propiedad CommandTimeOut.

command.CommandTimeout = 120;

Sin embargo, revisaría el plan de ejecución para ver dónde se están desperdiciando o acaparando los recursos de la base de datos, lo sugiero solo para experimentar, no en producción.