¿Cuál es la mejor manera de ejecutar el trabajo del Agente Sql usando C#?

Puede utilizar los siguientes procedimientos almacenados del sistema:

sp_start_job - iniciar un trabajo de Agente
sp_stop_job - detener un trabajo de agente
sp_update_job - habilitar/deshabilitar un trabajo de Agente

Actualización: Si realmente desea utilizar SMO, el mejor lugar para consultar es esta referencia de MSDN . La clase Trabajo te permite hacer todo esto.