¿Tiene un plan de mantenimiento automatizado para actualizar estadísticas, reconstruir índices, etc.? De lo contrario, es posible que SQL Server aún esté construyendo sus planes de consulta sobre sus estadísticas anteriores de tablas más pequeñas.
SQL Server genera planes de consulta paralelos automáticamente, si se cumplen ciertas condiciones. De un artículo en MSDN :
Otros factores:
¿Está SQL Server configurado para tener afinidad con un solo procesador?
¿La opción de grado máximo de paralelismo está establecida en 1?
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¿Has probado a perfilar este proceso? Sería interesante ver el plan de consultas que genera SQL Server.
¿Tiene un código de muestra que pueda publicar?
Si tiene un trabajo de copia de seguridad nocturno automatizado, ¿puede simplemente restaurar la copia de seguridad en el archivo?