Nunca he tenido un problema con el rendimiento en varias columnas nulas, incluso en bases de datos de cientos de gigas. Me imagino que puede terminar con problemas si ejecuta índices en estos campos y luego usa nulo en la consulta, pero personalmente no he visto esto como un problema. Por otra parte, no he creado tablas de bases de datos en las que todos los campos, excepto 3, admitan valores nulos.
Por otro lado, veo un problema de arquitectura cuando la mayoría de los datos son nulos. la razón general es a) una base de datos normalizada incorrectamente o b) un intento de permitir a los usuarios almacenar datos en la tabla final en lugar de crear tablas separadas para "crear" datos antes de enviarlos a la base de datos.
Depende de usted determinar la mejor arquitectura de su base de datos.
