Esta es una queja de mucho tiempo sobre las restricciones/índices únicos de SQL Server. La mejor solución es crear una vista con enlace de esquema y luego poner un índice único en esa columna:
Create View dbo.MyUniqueColView
With SchemaBinding
As
Select MyColToBeUnique
From MyTable
Where MyColToBeUnique Is Not Null
GO
Create Unique Clustered Index IX_MyTable_MyColToBeUnique On MyUniqueColView ( MyColToBeUnique )