Hay un par de métodos que puede emplear. La más simple es dejar los archivos en el sistema de archivos y almacenar la ruta del archivo dentro de SQL Server. Su aplicación recuperaría la ruta del archivo en tiempo de ejecución y usaría dicha ruta para cargar el archivo. Sin embargo, el almacenamiento en el sistema de archivos también tiene sus desventajas:los archivos no se respaldan con la base de datos, los cambios en la ubicación del archivo o la eliminación del archivo no actualizarán SQL Server, etc.
El almacenamiento dentro de SQL Server es ciertamente una opción también. Está en SQL Server 2005, por lo que no podrá usar la función FILESTREAM (introducida en SQL Server 2008), pero podrá almacenarla en un tipo de blob nativo de SQL Server.
Aquí hay una buena introducción a tipos de blob en SQL Server por Denny Cherry. Aquí hay un ejemplo de escribir blobs usando C#.
