Puedes usar algo como
SET @cnt = (SELECT COUNT(*) FROM User)
o
SELECT @cnt = (COUNT(*) FROM User)
Para que esto funcione, SELECT debe devolver una sola columna y un solo resultado y la instrucción SELECT debe estar entre paréntesis.
Editar :¿Has probado algo como esto?
DECLARE @OOdate DATETIME
SET @OOdate = Select OO.Date from OLAP.OutageHours as OO where OO.OutageID = 1
Select COUNT(FF.HALID)
from Outages.FaultsInOutages as OFIO
inner join Faults.Faults as FF
ON FF.HALID = OFIO.HALID
WHERE @OODate = FF.FaultDate
AND OFIO.OutageID = 1