No se moleste en separar los datos del sistema y del usuario. No agrega nada. En la vida real, su MDF está ahí o no lo está. No hay muchos tonos de gris.
En cuanto a la división, no me molestaría con varios grupos de archivos hasta que uno o más de:
- Me estoy acercando al tamaño de un terabyte
- Carga muy alta
- Más de una mesa grande (no solo una mesa grande)
- Tal vez índices separados basados en tablas de carga/tamaño/grandes
Y solo si puedo tener LUN o arreglos RAID separados para cada archivo. De lo contrario, no tiene sentido porque está dividiendo un recurso finito entre más archivos
Resumen:para la mayoría de las bases de datos, no vale la pena