Suponiendo que en realidad se trata de una clave compuesta, ya que no puede tener 2 claves primarias... El mensaje de error le dice exactamente qué hacer, es decir, agregar una orden. Puede hacer esto agregando [Column(Order = 0)]
y [Column(Order = 1)]
a sus columnas clave.
Para tu ejemplo:
public class LineItem
{
[Key][Column(Order = 0)]
public int OrderId { get; set;}
[Key][Column(Order = 1)]
public int LineNum { get; set;}
public string ItemId { get; set;}
public int Quantity { get; set;}
public decimal UnitPrice { get; set; }
}