Múltiples versiones de SQL Server usando Entity Framework en una sola aplicación ASP.NET

Pude lograr esto poniendo cada edmx en una asamblea separada. Luego, en la cadena de conexión, reemplace todos los res://*/... con res://NameOfAssembly/...

Incluso puedo realizar uniones entre los dos modelos de entidad (contrariamente a las afirmaciones que encontré en otras fuentes), por ejemplo:

var oneDb = new Entities2000();
var otherDb = new Entities2005();

var results = from one in oneDb.SomeSet
              join other in otherDb.OtherSet
                  on one.Property equals other.Property
              select new { 
                  SomeProp = one.SomeProp,
                  OtherProp = other.OtherProp 
              };