SQL Server:Transponer filas a columnas

Una forma de hacerlo si tagID los valores se conocen por adelantado es usar la agregación condicional

SELECT TimeSeconds,
       COALESCE(MAX(CASE WHEN TagID = 'A1' THEN Value END), 'n/a') A1,
       COALESCE(MAX(CASE WHEN TagID = 'A2' THEN Value END), 'n/a') A2,
       COALESCE(MAX(CASE WHEN TagID = 'A3' THEN Value END), 'n/a') A3,
       COALESCE(MAX(CASE WHEN TagID = 'A4' THEN Value END), 'n/a') A4
  FROM table1
 GROUP BY TimeSeconds
 

o si está de acuerdo con NULL valores en lugar de 'n/a'

SELECT TimeSeconds,
       MAX(CASE WHEN TagID = 'A1' THEN Value END) A1,
       MAX(CASE WHEN TagID = 'A2' THEN Value END) A2,
       MAX(CASE WHEN TagID = 'A3' THEN Value END) A3,
       MAX(CASE WHEN TagID = 'A4' THEN Value END) A4
  FROM table1
 GROUP BY TimeSeconds
 

o con PIVOT

SELECT TimeSeconds, A1, A2, A3, A4
  FROM
(
  SELECT TimeSeconds, TagID, Value
    FROM table1
) s
PIVOT
(
  MAX(Value) FOR TagID IN (A1, A2, A3, A4)
) p
 

Salida (con NULL s):

TimeSeconds A1 A2 A3 A4----------- ------- ------ ----- -----1378700244 3.75 NULL NULL NULL1378700245 30.00 NULL NULL NULL1378700304 1.20 NULL NULL NULL1378700305 NULL 56.00 NULL NULL1378700344 NULL 11.00 NULL1378700345 NULL 0.53 NULL1378700364 4.00 NULL NULL1378700365 14.50 NULL NULL NULL Null Null Null 

 Si tienes que calcular TagID valora dinámicamente y luego usa SQL dinámico
 
DECLARE @cols NVARCHAR(MAX), @sql NVARCHAR(MAX)

SET @cols = STUFF((SELECT DISTINCT ',' + QUOTENAME(TagID)
            FROM Table1
            ORDER BY 1
            FOR XML PATH(''), TYPE
            ).value('.', 'NVARCHAR(MAX)'),1,1,'')

SET @sql = 'SELECT TimeSeconds, ' + @cols + '
              FROM
            (
              SELECT TimeSeconds, TagID, Value
                FROM table1
            ) s
            PIVOT
            (
              MAX(Value) FOR TagID IN (' + @cols + ')
            ) p'

EXECUTE(@sql)