Puede usar una tarea de secuencia de comandos dentro del ciclo para realizar el filtrado de expresiones regulares:http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/regex-filter-for-foreach-loop.html
O podría usar un enumerador de terceros (gratuito):http://microsoft-ssis.blogspot.com/2012/04/custom-ssis-component-foreach-file.html
