¿Cómo eliminar de la fuente usando el comando MERGE en SQL Server 2008?

Puede usar la cláusula de salida para capturar las filas modificadas/insertadas en una variable de tabla y usar eso con una declaración de eliminación después de la combinación.

DECLARE @T TABLE(EmployeeID INT);

MERGE Target1 AS T
USING Source1 AS S
ON (T.EmployeeID = S.EmployeeID) 
WHEN NOT MATCHED BY TARGET AND S.EmployeeName LIKE 'S%' 
    THEN INSERT(EmployeeID, EmployeeName) VALUES(S.EmployeeID, S.EmployeeName)
WHEN MATCHED 
    THEN UPDATE SET T.EmployeeName = S.EmployeeName
WHEN NOT MATCHED BY SOURCE AND T.EmployeeName LIKE 'S%'
    THEN DELETE  
OUTPUT S.EmployeeID INTO @T;

DELETE Source1
WHERE EmployeeID in (SELECT EmployeeID
                     FROM @T);