El UNION ALL La versión probablemente se satisfaga con bastante facilidad con 2 búsquedas de índice. OR puede dar lugar a exploraciones. ¿Cómo son los planes de ejecución?
También has probado esto para evitar acceder a Notes dos veces?
;WITH J AS
(
SELECT UniqueID FROM Leads WHERE LeadID = @LeadID
UNION ALL
SELECT UniqueID FROM Quotes WHERE LeadID = @LeadID
)
SELECT N.* /*Don't use * though!*/
FROM Notes N
JOIN J ON N.TargetUniqueID = J.UniqueID
