Como dijiste que es un proceso automático que debería ocurrir todos los días, puedes crear un trabajo SSIS (ETL) para hacer esto y puedes programar el trabajo de tal manera que se ejecute todos los días.
Aquí está el enlace eso explicará claramente cómo crear un paquete ETL como fuente de archivo plano y destino de base de datos.
Este enlace lo ayudará con el procedimiento paso a paso para programar un trabajo en el Agente SQL Server.
Puede seleccionar la ruta de la carpeta en lugar del nombre del archivo en el origen para que el trabajo ETL mueva todos los archivos de la carpeta a la tabla de destino una vez al día.
