Como ya se mencionó, usted podrá tiene que escribir una aplicación para hacer esto, pero idealmente podría obtener los datos sin procesar de la empresa externa en lugar de tener que procesar el PDF.
Sin embargo, si haces quiero extraer los datos del PDF, he usado iText
y encontré que era muy poderoso, confiable y lo más importante - gratis . Viene en versiones Java y .Net - iTextSharp
es la versión .Net. Le permite manipular mediante programación documentos PDF y expondrá el contenido del PDF a la aplicación que escriba.