Los SP están precompilados, es posible que se utilice un plan de consulta "malo" que no sea bueno para los argumentos pasados al SP. Puede agregar una OPTION (RECOMPILE) en las consultas dentro del SP para obligar a SQL Server a volver a ejecutar la consulta a través del optimizador de consultas y encontrar la mejor consulta para los parámetros dados.
Ver aquí o aquí para algunos ejemplos e información general...
