Obtuve una respuesta clara de Microsoft aquí http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5
Visual Studio Express 2012 para Web no es compatible con las nuevas herramientas de datos del servidor Sql. Para trabajar con un proyecto de base de datos (convertir desde el antiguo dbproj o crear un nuevo proyecto desde cero), debe usar Visual Studio 2010 Shell. Los errores que obtuve de los Procedimientos almacenados se debieron a que los scripts SQL no se importaron correctamente. El antiguo dbproj tenía los scripts sql en carpetas arbitrarias. La solución fue excluir todos los scripts sql del proyecto que acababa de convertir de un dbproj y luego volver a importar los scripts sql. Cuando haces eso, el proyecto los reconoce y no genera errores.
