El componente Script no admite el uso de puntos de interrupción. Por lo tanto, no puede recorrer el código y examinar los valores a medida que se ejecuta el paquete. Puede monitorear la ejecución del componente Script usando los siguientes métodos
Interrumpa la ejecución y muestre un mensaje modal usando MessageBox.Show() método en el espacio de nombres System.Windows.Forms namespace . (Elimine este código después de completar el proceso de depuración).
Genere eventos para mensajes informativos, advertencias y errores. Los métodos FireInformation, FireWarning y FireError muestran la descripción del evento en la ventana de resultados de Visual Studio. Sin embargo, el método FireProgress, el método Console.Write y el método Console.WriteLine no muestran ninguna información en la ventana de salida. Los mensajes del evento FireProgress aparecen en la pestaña Progreso del Diseñador SSIS.
http://microsoft-ssis .blogspot.com/2011/04/breakpoint-does-not-work-within-ssis.html
