Esto puede funcionar o no según la política de seguridad de su empresa (o su supervisión), pero puede escribir una macro rápida que abra los 200 archivos y los guarde en un directorio temporal "desprotegido" sin contraseña. Luego ejecute su secuencia de comandos SSIS y, cuando se complete, elimine los 200 archivos (con un eliminador seguro como Borrador )
Sub ManagePWords()
Dim f(1 To 200) As Variant
Dim i As Integer
Dim origpath As String, temppath As String
Dim wb As Excel.Workbook
origpath = "c:\where_files_are_now\"
temppath = "c:\where_files_are_now\unprotected\"
f(1) = Array("filename1", "password1")
f(2) = Array("filename2", "password2")
'keep going for all 200 files
For i = 1 To UBound(f)
Set wb = Application.Workbooks.Open(origpath & f(i)(0), , , , f(i)(1))
wb.SaveAs temppath & f(i)(0) & ".xlsx", , ""
wb.Close
Next i
End Sub