Este es un problema un poco más complejo de lo que tengo ganas de pensar ahora mismo, pero te daré una idea para empezar y tal vez alguien más pueda ayudarte a completarlo...
Une la tabla a sí misma así:
Select A.JobID, A.Sequence, Count(*)
from TheTable A join
TheTable B on A.JobID <> B.JobID and A.Sequence = B.Sequence
group by A.JobID
No lo he probado, por lo que podría haber errores tipográficos, pero espero que entiendas la idea. Observe que se está uniendo donde el trabajo no es el mismo, pero la secuencia sí lo es.
