Posibles causas:
1) operaciones de eliminación en cascada
2) activador(es)
3) el tipo de su columna de clave principal no es un número entero, lo que obliga a una conversión de tipo en cada valor de pk para hacer la comparación. esto requiere un escaneo completo de la tabla.
4) ¿Su consulta realmente termina en un punto como lo publicó en la pregunta? si es así, se puede considerar que el número es un número de punto flotante en lugar de un entero, lo que provoca una conversión de tipo similar a 3)
5) su consulta de eliminación está esperando que otra consulta lenta libere un bloqueo
