Realmente solo hay dos opciones aquí.
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Cifre los datos que está enviando a su consulta de selección. De esa manera, está comparando dos valores cifrados diferentes. Por supuesto, esto fallará si está usando una sal.
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No cifre los valores antes del almacenamiento. En su lugar, simplemente guárdelo normalmente. Si realmente necesita cifrarse, utilice los métodos de cifrado disponibles en SQL Server para cifrar automáticamente la columna:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms179331.aspx
El propósito de su cifrado es básicamente proteger la información "en reposo". El servidor SQL puede hacer esto por sí mismo.