Es posible que un agregado no aparezca en la lista establecida de una instrucción UPDATE. Si se actualiza con nombres de columna

Intente declarar una variable para el propósito:

DECLARE @Result Decimal(18, 0)
SET @Result = ROUND(SUM(DATEDIFF(ss,'2014-05-15 00:23:04.580','2014-05-15 00:25:04.580') / 60.0 / 60.0), 2)

update CheckInCheckOut 
set CountHours= @Result
where UserId_Fk=3