El código no parece ser correcto... tienes ...WHERE (SELECT...) ¿DÓNDE qué?
¿Estás seguro de que no estás detrás?
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID IN (...)
O
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID NOT IN (...)
Donde (...) representa otra selección que devuelve algún tipo de ID.
De lo contrario, por supuesto, obtendrías un tiempo de espera. Esa selección puede devolver un conteo y WHERE 1 puede seguir y seguir y seguir...
