Todavía usaría SqlBulkCopy para copiar rápidamente sus datos del archivo externo en una tabla provisional que tiene la misma estructura (plana) que el archivo (deberá crear esa tabla con anticipación)
Una vez que se carga, puede dividir los datos en varias tablas usando, p. un procedimiento almacenado o algo así, debería ser bastante rápido ya que todo ya está en el servidor.
Qué es el esquema en SQL Server y cómo crear/eliminar esquemas en la base de datos de SQL Server - Tutorial de SQL Server/TSQL, parte 27
Combine dos tablas, excluya los mismos registros
Administrar su replicación de MS SQL
Tablespace SYSMGMTDATA está COMPLETO en el repositorio de administración de infraestructura de cuadrícula (MGMTDB)