Asp.Net en general (no específico de MVC) tiene una forma integrada de administrar la autenticación.
Se realiza a través de MembershipProvider, RoleProvider y PrincipalProvider. Puede buscarlos en Google para obtener más detalles.
En su escenario, donde tiene que verificar las credenciales de usuario con un esquema existente, simplemente podría implementar su propio MembershipProvider personalizado (y, si es necesario, RoleProvider y/o PrincipalProvider) derivado de la clase base.
Dentro de su proveedor personalizado, implementará los métodos de firma con el código específico de su dominio.
Por último, simplemente registre su proveedor personalizado para que sea el predeterminado en web.config y listo. Su aplicación puede usar la API de membresía predeterminada para autenticar a los usuarios y las credenciales del administrador.