Lo resolví agregando las siguientes líneas en App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
y esto en Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Como este proceso lleva mucho tiempo, más de 10 minutos, descubrí que necesito sobrescribir este valor con uno más alto.