El artículo "Realización de cambios de esquema en bases de datos de publicaciones" debe cubrir la mayor parte de lo que necesita saber. A diferencia de las versiones anteriores de SQL Server, solo debería poder realizar los cambios de DDL (suponiendo que no haya desactivado los valores predeterminados de replicación).
Como se menciona en el artículo, no podrá usar SSMS para realizar estos cambios.