No está exactamente claro lo que intenta hacer aquí, pero puede crear un identificador en cada fila similar a este:
SELECT Id, 'M' as tbl
FROM MD_Master
UNION ALL
SELECT Id, 'P' as tbl
FROM CD_Personal
Esto le permitirá distinguir entre cada fila al ver de qué tabla proviene el registro. Luego, si tiene registros con el mismo ID sabrás de qué tabla proviene.
