Si varias aplicaciones solo intentan comparar datos, entonces creo que no están escribiendo en la tabla, los registros de almacenamiento en caché también deberían ayudar. También existe una técnica llamada fragmentación que, lamentablemente, el servidor SQL no la proporciona. Pero hay una biblioteca en codeplex que proporciona esa función para SQL Server. Básicamente intenta equilibrar la carga en las bases de datos.
No lo he probado, pero debería valer la pena intentarlo. Si quieres puedes verlo aquí http://enzosqlshard.codeplex.com/
