Reemplace varios caracteres de una cadena sin usar ninguna función de reemplazo anidada

Creo que es más fácil y más legible si usa una tabla para manejar esto.

declare @String varchar(max) = '(N_100-(6858)*(6858)*N_100/0_2)%N_35'

--table containing values to be replaced
create table #Replace 
(
    StringToReplace varchar(100) not null primary key clustered
    ,ReplacementString varchar(100) not null    
)

insert into #Replace (StringToReplace, ReplacementString)
values ('+', '~')
    ,('-', '~')
    ,('*', '~')
    ,('/', '~')
    ,('%', '~')
    ,('(', '~')
    ,(')', '~')

select @String = replace(@String, StringToReplace, ReplacementString)
from #Replace a

select @String

drop table #Replace