Esto debería hacer un truco:
SELECT
EmpId, EmpLotusNotes
FROM
dbo.Table
ORDER BY
CASE
WHEN EmpLotusNotes LIKE '%Japan' THEN 1
WHEN EmpLotusNotes LIKE '%China' THEN 2
WHEN EmpLotusNotes LIKE '%India' THEN 3
WHEN EmpLotusNotes LIKE '%USA' THEN 4
END