¿Cómo formatear el tiempo de dd:hh:mm:ss a solo hh:mm:ss en el servidor SQL?

Puedes hacer esto con matemáticas

DECLARE @sec INT = 93600

SELECT
    CONVERT(VARCHAR(10), (@sec / 3600)) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), ((@sec % 3600) / 60)), 2) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), (@sec % 60)), 2)

Escrito como una función:

CREATE FUNCTION udfTimeSpanFromSeconds(
    @sec INT
)
RETURNS VARCHAR(15)
AS
BEGIN
RETURN 
    CONVERT(VARCHAR(10), (@sec / 3600)) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), ((@sec % 3600) / 60)), 2) + ':' +
    RIGHT('0' + CONVERT(VARCHAR(2), (@sec % 60)), 2)
END

Ejemplo de llamada:

SELECT dbo.udfTimeSpanFromSeconds(360000)

RESULTADO:

100:00:00