Se necesitan dos trucos para completar esta consulta. La primera es una UNIÓN COMPLETA. Una combinación completa le permitirá combinar ambas tablas e insertar valores nulos en cualquiera de las tablas cuando no coincida con la condición de combinación. El segundo es COALESCE, que le permitirá tomar la planta y el sitio de cualquiera de las tablas que proporcione un registro para esta fila en los resultados.
SELECT Coalesce(t1.Site,t2.Site) As Site, COALESCE(t1.Plant, t2.Plant) As Plant,
t1.Value_1 As t1_Value_1, t1.Value_2 As t1_Value_2,
t2.Value_1 As t2_Value_1, t2.Value_2 As t2_Value_2
FROM Table1 t1
FULL JOIN Table2 t2 ON t1.Site = t2.Site AND t1.Plant = t2.Plant