JOIN tiene una precedencia más alta que COMMA, por lo que su segunda declaración se interpreta como (tenga en cuenta los paréntesis que agregué):
select sched.id, max(txn.dttm), acc.id
from PaymentSchedulePeriod sched
,(PaymentSchedulePayment pay
right outer join AccountTransaction txn on pay.accountTransactionFk=txn.id
right outer join Account acc on txn.accountFk=acc.id)
where sched.accountFk=acc.id
group by sched.id, acc.id
Ver también:reglas de precedencia de JOIN por SQL-99
