MERGE es generalmente más rápido porque hay menos operaciones DML y también es el enfoque recomendado de la documentación. Con la forma "tradicional", está procesando las tablas dos veces:una para verificar la existencia y otra para ejecutar su DML. Con MERGE, todo se encapsula con una sola operación; por lo tanto, se emite un conjunto de bloqueos, un conjunto de registros, etc., etc.
Sin embargo, es bastante subjetivo lo que realmente están haciendo sus consultas. Probablemente debería echar un vistazo a Optimización del rendimiento de declaraciones MERGE en MSDN.
