Están en el orden de column_id desde la vista del sistema sys.columns .
Puedes comprobarlo por:
SELECT column_id, name
FROM sys.columns
WHERE object_id = Object_id('MyTableName')
ORDER BY column_id
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Esto es para los demócratas. Debería probar en una tabla más grande, pero parece que usa el orden definido en la tabla, no el índice:
CREATE TABLE #T (cola int, colb int, colc int)
INSERT INTO #T
VALUES
(1,2,3),
(2,3,4),
(4,5,6)
SELECT * FROM #T
CREATE INDEX ix_test ON #T (colb, colc, cola)
SELECT * FROM #t
WHERE colb > 0
DROP TABLE #T
