Seleccionar de una tabla e insertar en otras dos tablas

Creo que quieres algo como lo siguiente. La tabla temporal @Output capturará las identidades insertadas para la primera tabla, luego se pueden usar al insertar en la segunda tabla.

DECLARE @Output TABLE 
(       FirstTableID    INT NOT NULL PRIMARY KEY, 
        WarehouseCode   VARCHAR(3), 
        CustomerCode    VARCHAR(4)
)
INSERT INTO FirstTable (WarehouseCode, CustomerCode)
OUTPUT inserted.FirstTblID, inserted.WarehouseCode, inserted.CustomerCode INTO @Output
SELECT  DISTINCT LEFT(LocationCode, 3) [WarehouseCode], CustomerCode
FROM    [PrimaryTable]

INSERT INTO SecondTable (ItemCode, LocationCode, CustomerCode, FirstTblID)
SELECT  p.ItemCode,
        p.LocationCode,
        p.CustomerCode, 
        o.FirstTableID
FROM    [PrimaryTable] p
        INNER JOIN @Output o
            ON LEFT(LocationCode, 3) = WarehouseCode
            AND p.CustomerCode = o.CustomerCode