Deshabilitar todos los índices no agrupados

Puede construir las consultas en una declaración de selección, así:

DECLARE @sql AS VARCHAR(MAX)='';

SELECT @sql = @sql + 
'ALTER INDEX ' + sys.indexes.name + ' ON  ' + sys.objects.name + ' DISABLE;' +CHAR(13)+CHAR(10)
FROM 
    sys.indexes
JOIN 
    sys.objects 
    ON sys.indexes.object_id = sys.objects.object_id
WHERE sys.indexes.type_desc = 'NONCLUSTERED'
  AND sys.objects.type_desc = 'USER_TABLE';

EXEC(@sql);

Los caracteres 13 y 10 son saltos de línea/retornos de carro, por lo que puede verificar la salida reemplazando EXEC con PRINT , y será más legible.