Estoy en el mismo barco, y gracias a su comienzo lo hice funcionar (insertar y leer datos espaciales). Para cualquier otra persona que esté interesada, en primer lugar, la clase GisSharpBlog.NetTopologySuite.Geometries.Point está en NetTopologySuite.dll, que forma parte de la descarga de nHibernate.Spatial.
En segundo lugar, según el punto de James, asegúrese de configurar el SRID en 4326.
Y, por último, el mapa debe verse así:
Map(a => a.Location).CustomType(typeof(NHibernate.Spatial.Type.GeometryType));
Estoy usando Geografía, pero leí en alguna parte que usar GeometryType puede funcionar y lo hace para mí (inserté algunos puntos y lo verifiqué en la base de datos). También leí que es mejor escribir SQL Query's for Geography para que pueda usar los métodos especiales SQL 2008 Spatial (en lugar de usar Criteria).