En caso de que alguien más tropiece con este problema:
Parece que hay una opción para hacer esto en 2008; no era evidente para mí porque la base de datos se actualizó desde 2005 donde no creo que esta fuera una opción.
Lo primero que debe hacer es configurar el nivel de compatibilidad hasta 2008:
ALTER DATABASE [MyDatabase] SET COMPATIBILITY_LEVEL = 100
Luego, al crear el índice de texto completo a través del asistente, hay un paso que le permite ignorar palabras vacías para el índice
editar:aquí está el script para hacerlo también:
ALTER FULLTEXT INDEX ON MyTable SET STOPLIST = OFF
