Es un error tonto cometido por mí mismo,
$sql='SELECT [password],[username] FROM customer Where $name=[password] and $pass=[username]';
solo imprimo la consulta sql almacenada en la variable $sql y ejecuto esa consulta en el servidor MSSQL, la consulta viene así,
SELECT [password],[username] FROM customer Where asd=[password] and asd123=[username]
pero en el servidor sql necesitamos dar la cadena entre comillas
$sql="SELECT [password],[username] FROM customer Where '$name'=[password] and '$pass'=[username]";
Y funciona bien...