En mi caso, SELinux (estoy usando CentOS) estaba bloqueando la conexión cuando se hacía desde el servidor web Apache en el cuadro de Linux al servidor SQL en el cuadro de Windows. Para permitir la conexión tienes dos opciones:
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Deshabilitar SELinux
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Como root o sudo ejecuta los dos comandos:
Para verificar si SELinux está bloqueando su red y las conexiones de la base de datos, ejecute este comando:
Si los resultados son:
Está bien, si están apagados, ejecute los primeros comandos en esta respuesta.