Si usa el Administrador de configuración de SQL Server 2005, solo verá instancias de 2005 e inferiores.
Para ver las instancias de SQL Server 2008, querrá asegurarse de que está utilizando el Administrador de configuración de SQL Server 2008.
La última opción sería Ver todos los servicios mediante el Administrador de control de servicios. Aquí deberá ver qué instancias de SQL Server tiene ejecutándose en la máquina.