Sí, su configuración basada en Windows Installer y construida con Visual Studio puede implementar todo lo que necesita. Lea esto artículo en MSDN para obtener más detalles (tal vez no necesite ClickOnce pero contiene muchos enlaces).
Supongo que necesita alguna aclaración sobre sus opciones (supongo que desea usar una solución de Microsoft porque habló sobre SQLExpress).
- Microsoft SQL Server:motor de base de datos con todas las funciones. Cuesta (mucho) y la implementación no es tan fácil como lo haríamos.
- Microsoft SQL Server Express:edición gratuita (con algunos límites) del hermano mayor. Mismos problemas de instalación. Perfecto para aplicaciones web o de escritorio medianas.
- Microsoft LocalDB:archivo único o múltiple, usuario único, soporte para procedimientos almacenados y avanzado tipos de datos como en versiones superiores, fácil de implementar y (opcionalmente) ejecución por usuario. Perfecto para aplicaciones de escritorio pequeñas y medianas y desarrollo (con algunas condiciones previas también con aplicaciones web).
- Microsoft SQL Server Compact 4.0:archivo único, usuario único, pequeño, en proceso, muy fácil de implementar. Perfecto para aplicaciones pequeñas de un solo usuario o para almacenamiento de datos local (VS2k10 C++ Intellisense, por ejemplo, usa una base de datos SQLCE).
- Microsoft JET Engine:el viejo y amado Access. Si vienes de VB6, supongo que lo sabes.