¿Cómo encontrar filas duplicadas por una clave pero no duplicadas en todas las columnas?

Puedes hacerlo uniendo la tabla sobre sí misma, diciendo que las D son todas iguales y que al menos una de las C no es igual.

CREATE TABLE #Source (
    D1 VARCHAR(2),
    D2 VARCHAR(2),
    D3 VARCHAR(2),
    C4 VARCHAR(2),
    C5 VARCHAR(2),
    C6 VARCHAR(2) );

INSERT INTO #Source VALUES ('A', 'B', 'C', 'X1', 'X2', 'X3');
INSERT INTO #Source VALUES ('A', 'B', 'C', 'X1', 'X2', 'X4');
INSERT INTO #Source VALUES ('A', 'B', 'D', 'X1', 'X2', 'X3');
INSERT INTO #Source VALUES ('A', 'B', 'D', 'X1', 'X2', 'X3');

SELECT S1.D1, S1.D2, S1.D3, S1.C4 C4_1, S2.C4 C4_2, S1.C5 C5_1, S2.C5 C5_2, S1.C6 C6_1, S2.C6 C6_2
FROM
    #Source S1
            INNER JOIN
    #Source S2
            ON
        (       S1.D1 = S2.D1 
            AND S1.D2 = S2.D2
            AND S1.D3 = S2.D3
            AND (   S1.C4 <> S2.C4
                 OR S1.C5 <> S2.C5
                 OR S1.C6 <> S2.C6
                 )
        );

DROP TABLE #Source;

Da los siguientes resultados:

D1   D2   D3   C4_1 C4_2 C5_1 C5_2 C6_1 C6_2
---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ---- ----
A    B    C    X1   X1   X2   X2   X4   X3
A    B    C    X1   X1   X2   X2   X3   X4

También tenga en cuenta que esto es compatible con MS SQL 2000, como indicó más adelante, se requiere en Cómo convertir una consulta SQL usando expresiones de tabla comunes a una sin (para SQL Server 2000) .