Si bien no hay forma de conectarse a varios servidores como diferentes usuarios en una sola instancia de SSMS, lo que está buscando es la siguiente sintaxis de RUNAS:
runas /netonly /user:domain\username program.exe
Cuando usa el interruptor "/ netonly", puede iniciar sesión con credenciales remotas en un dominio del que no es miembro actualmente, incluso si no hay una configuración de confianza. Simplemente le dice a runas que las credenciales se utilizarán para acceder a recursos remotos:la aplicación interactúa con la computadora local como el usuario que ha iniciado sesión actualmente e interactúa con las computadoras remotas como el usuario cuyas credenciales ha proporcionado.
Todavía tendría que ejecutar varias instancias de SSMS, pero al menos podría conectarse como diferentes usuarios de Windows en cada una.
Por ejemplo:runas /netonly /user:domain\username ssms.exe 
