Entity Framework 6 GUID como clave principal:no se puede insertar el valor NULL en la columna 'Id', la columna 'FileStore' de la tabla no permite valores nulos

Además de agregar estos atributos a su columna de identificación:

[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }

en su migración debe cambiar su CreateTable para agregar el defaultValueSQL propiedad a su columna, es decir:

Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),

Esto evitará que tenga que tocar manualmente su base de datos que, como señaló en los comentarios, es algo que desea evitar con Code First.